The Tawara family, the last shinobi clan. It had abandoned its roots after an incident in the past, but now the family must take on the greatest crisis in Japanese history, one that threatens to shake the nation to its core.

O ano é 1879. Jurados de vingança, Kenshin e seus aliados enfrentam o inimigo mais forte de todos: Enishi Yukishiro e seus comparsas.

Kenshin Himura enfrenta um misterioso negociante de armas chamado Enishi Yukishiro. Ele controla o submundo da China. O segredo do "Jujishou" de Kenshin Himura também é revelado.

Makoto Shishio parte em seu navio para Kyoto a fim de derrubar o governo Meiji. Para evitar que o caos retorne ao Japão, o ex-assassino que se tornou protetor do país, Kenshin Himura, decide treinar com seu antigo mestre para aprender a sua técnica final.

Kenshin Himura ficou conhecido como um dos melhores assassinos do país. Porém, cansado de tanta matança, ele abandona sua espada durante uma batalha e jura que não matará mais ninguém. Sua arma é recolhida por um dos derrotados e, passado algum tempo, uma série de assassinatos relacionados ao tráfico de ópio começam a acontecer. Himura passa a ser falsamente acusado de assassinato e sua promessa de nunca mais tirar uma vida é testada.