A história do filme começa quando Arata toca inadvertidamente "Hermes Apocrypha", Grimoire de Lilith. De repente, ele é envolto por uma luz branca brilhante, e uma menina aparece diante dele. Ela se chama Lilim e trata Arata e Lilith como seus pais. Ao mesmo tempo ela aparece, algo muda no mundo. A Proibida Biblioteca Eterna desperta. Na Biblioteca é selado o culminar final da Alquimia, o Senhor Branco Demônio. O Lorde do Demônio Branco trama para eliminar Arata e a Trindade Sete para usurpar a posição de Demônio Senhor. Bristling com poder incalculável, o White Demon Lord ataca Arata, e desencadeia uma crise desesperada onde Arata e Trinity Seven devem salvar o mundo nesta última batalha.

Após dois anos dos eventos da Quarta Guerra Mundial Ninja, a lua começa a cair em direção à terra. Com a lua agora como um meteoro que ameaça destruir tudo com o impacto, um Naruto mais velho tem de lidar com esta nova ameaça. Enquanto isso, uma concorrente a liderança do Clã Hyūga, Hinata, consegue entregar à Naruto um cachecol de valor sentimental amoroso no Festival de Inverno de Konohagakure, e, em seguida, é vítima de um fracassado sequestro de um vilão misterioso. Este vilão consegue tomar a irmã mais nova de Hinata, Hanabi Hyūga, como réfem, e assim atrai Naruto, Sakura, Sai, Shikamaru e Hinata em uma missão de resgate a Hanabi. Em meio a caça ao vilão, ocorre algumas conversas entre Naruto e Hinata, assim como encontros com o vilão, e os acontecimentos só fortalecem uma relação mais forte entre eles.

Com a Kyuubi selada as coisas começam a voltar ao normal, mas a paz na Vila de Konoha é interrompida quando os membros da Akatsuki reaparecem. Naruto e outros ninjas conseguem impedi-los. Depois da bem-sucedida missão, os familiares dos jovens ninjas que participaram do combate escrevem cartas para a Hokage recomendando que seus filhos se tornem jounins. Como Naruto não tem pais ele fica depressivo com essa situação, é quando Madara aparece em Konoha e ataca Naruto e Sakura com um novo e misterioso doujutsu.

Antigamente existia a 'mágica' e respeitada vila do "Céu", uma fortaleza flutuante. Acreditava-se que ela era o centro mais protegido do mundo, pois era uma combinação de gigantescas muralhas impenetráveis, e havia um poder de flutuação que era sustentado por um outro mistério, o 'Chakra Negro'. Mas por algum motivo a vila oculta do "Céu" foi extinta... a "Vila Flutuante" sumiu com tudo e com todos, o que restou foram somente ruínas e algumas histórias. Agora ela reaparece trazendo à tona laços inseparáveis.

Momentos antes do nascimento de Naruto Uzumaki, um enorme demônio conhecido como o Kyuubi, a Raposa de Nove Caudas, atacou o vilarejo da folha oculta Konoha, causando destruição. Para pôr fim à devastação de Kyuubi, o líder da aldeia, o quarto Hokage, sacrificou sua vida e selou o monstruoso animal dentro do recém-nascido Naruto. Agora, Naruto é um ninja hiperativo e cabeça dura que ainda vivem em Konoha. Evitado pelos demais habitantes por causa da Kyuubi dentro dele, Naruto se esforça para encontrar seu lugar na aldeia, enquanto o seu ardente desejo de se tornar o Hokage de Konoha o leva a conhecer alguns grandes novos amigos, e também alguns inimigos mortais.