Em 2026, a humanidade está enfrentando sua pior crise e está muito próxima da extinção por conta de um vírus mortal. Um grupo de sobreviventes organiza uma expedição pelas florestas próximas de São Francisco em busca de uma nova fonte de energia quando se deparam com uma comunidade, muito evoluída, de macacos liderados por César. Alguns dissidentes, mesmo com o pacto de paz firmado, quebram a trégua e dão início a uma guerra sem precedentes entre as duas espécies.

Norman Babcock (Kodi Smit-McPhee) é um garoto que consegue ver e falar com os mortos. Entretanto, o único que acredita em suas habilidades é Neil, um amigo excêntrico. Um dia, o tio de Norman conta sobre um importante ritual anual realizado na cidade, com o objetivo de protegê-la de uma maldição jogada por uma bruxa séculos atrás. Norman resolve ajudar no ritual, mas as coisas não saem como planejado e uma nuvem mágica faz com que os mortos se levantem das tumbas da cidade.