Um jovem afastado do mundo encontra seus amigos e inicia uma longa e árdua jornada para renascer.

Certo dia, Takamiya Naho recebe uma carta escrita por ela mesma dez anos no futuro. A carta narra exatamente os eventos daquele dia, incluindo a transferência de um novo aluno para a turma dela chamado Naruse Kakeru. A Naho do futuro diz repetidamente que ela tem vários arrependimentos e quer consertar eles garantindo que Naho do passado tome as decisões certas, especialmente sobre Kakeru. O mais chocante é que ela descobre que daqui dez anos Kakeru não estará mais entre eles. A Naho do futuro pede que ela cuide dele com atenção.

Depois de perderem sua mãe, Alphonse e Edward Elric tentam trazê-la de volta usando uma técnica de alquimia proíbida. Contudo, o princípio básico da alquimia é a 'troca equivalente', e tentar ressucitar alguém custa muito alto. Ed perde sua perna, e Al perde seu corpo. Ed consegue selar a alma de Al dentro de uma grande armadura metálica, dando em troca seu braço. Anos depois, Ed (com dois membros de metal) e Al (ainda preso na armadura) deixam a sua cidade natal.Ed, que possui um talento nato para a alquimia, se torna um alquimista com certificado nacional, e logo passa a ser chamado de 'full metal alchemist'. Mas o verdadeiro objetivo dos irmãos é encontrar a pedra filosofal, na esperança de recuperarem os seus corpos originais. Logo eles descobrem que essa mística pedra, que pode nem existir, é visada não só por eles, mas como muitas outras pessoas também.

Uma jovem bruxa, em seu ano obrigatório de vida independente, acha difícil se adaptar a uma nova comunidade enquanto se apoia na administração de um serviço de correio aéreo.