Depois de anos sendo protegidos do mundo humano, os irmãos tartarugas saem para ganhar os corações dos nova yorkinos e serem aceitos como adolescentes normais através de seus atos heroicos. Sua nova amiga, April O’Neil, vai ajudá-los a derrotar um misterioso sindicado do crime, mas eles logo se veem em maus lençóis quando um exército de mutantes vai atrás deles.

Josh Futturman, guardião de dia e jogador de noite, é recrutado por visitantes misteriosos para viajar de volta no tempo para evitar a extinção da humanidade.

Depois de terminar su relação com o Coringa, Arlquina se une com o Canário Negro, Cazadora e Renee Montoya, para salvar a uma menina dum bandido.