Na fossa mais profunda do Oceano Pacífico, a tripulação de um submarino fica presa dentro do local após ser atacada por uma criatura pré-histórica que se achava estar extinta, um tubarão de mais de 20 metros de comprimento, o Megalodon. Para salvá-los, um oceanógrafo chinês contrata Jonas Taylor, um mergulhador especializado em resgates em água profundas que já encontrou com a criatura anteriormente.

Após a batalha entre os Autobots e os Decepticons, que arrasou Chicago, os gigantescos robôs alienígenas desapareceram. Atualmente, eles são caçados pelos humanos, que não desejam passar por apuros novamente. Porém, enquanto a humanidade tenta se recuperar dessa terrível batalha, uma nova ameaça paira sobre a Terra.

Quando um vírus mortal começa a transformar pessoas comuns em legiões de mortos-vivos, a humanidade tem uma única esperança: Alice.