Dragões agora se tornaram uma lenda para o mundo. Após a ocorrência de uma rachadura na superfície da Terra, os cientistas vão estudá-la. Logo um grupo de crianças descobre que os dragões estão escondidos e decidem escondê-los.

O que reúne grandes amigos? Para Daphne, Velma, Fred, Salsicha e o cãozinho Scooby-Doo, é um mistério! Literalmente! Este longa-metragem leva os fãs de volta no tempo, para quando nossos quatro heróis eram adolescentes novatos no assunto – sempre acompanhados por um cão detetive – e tiveram seu primeiro encontro profissional. Injustamente acusados de encenar uma piada sobre fantasmas, os garotos são suspensos do colégio. Para limparem seus nomes, eles se unem para resolverem um mistério sobrenatural... E se envolvem em uma aventura repleta de bom humor.